Algunas aplicaciones de la sede electrónica, especialmente todas aquellas que supongan la presentación de documentos, requieren la firma electrónica de documentos. Dependiendo de la forma en la que se identifique, es posible que pueda identificarse pero no pueda firmar.

El sistema de firma disponible es Certificado electrónico: Para firmar con certificado electrónico es necesario que previamente haya instalado la aplicación AutoFirma en su ordenador.